Karena aktivisme politik ayahnya, Prabowo menghadapi masa kecil yang penuh dengan keterbatasan hidup di luar Indonesia mulai dari kelas tiga. Namun, cinta terhadap Indonesia, yang ditanamkan oleh orang tuanya dan kakeknya, membuatnya memilih Akademi Militer Nasional daripada melanjutkan ke universitas terkemuka di Amerika, meskipun pencapaian sekolah menengahnya yang tinggi.
Di Jakarta, Prabowo tinggal di antara rumah ayahnya di Jalan Kertanegara, Kebayoran Baru, dan rumah kakeknya di Jalan Matraman. Tempat tinggal kakeknya, R.M. Margono Djojohadikusumo, terletak di sebelah rumah K.H. Hasyim Asyari, kakek dari presiden keempat Indonesia, Gus Dur.
Prabowo juga menghabiskan waktu di Swiss, yang dipicu oleh perselisihan politik antara Prof. Sumitro dan Presiden Sukarno mengenai Partai Komunis Indonesia (PKI), di mana Prof. Sumitro tidak dapat menerima keterlibatan PKI dalam pemerintahan Sukarno, yang mengakibatkan pengawasan rumah Prof. Sumitro di luar negeri oleh lembaga intelijen.
Pendidikannya dilanjutkan di American School di London, di mana Prabowo menonjol sebagai kapten tim sepak bola, debat, dan catur, dan menjabat sebagai editor-in-chief majalah sekolah. Menariknya, selama waktu ini, Prabowo adalah satu-satunya siswa Indonesia di sekolahnya.
