Sesi latihan kedua MotoGP di Sirkuit Brno diwarnai hujan deras, membuat para pembalap harus menghadapi kondisi basah. Aspal baru tidak begitu membantu dalam mengurangi genangan air di lintasan, meskipun cuaca mulai cerah. Jorge Martin mampu menempatkan namanya di puncak klasemen untuk sementara, sementara Marco Bezzecchi tetap konsisten di posisi teratas meskipun mengalami kecelakaan. Di tengah kondisi sulit, Marc Marquez mampu menonjol dan Johann Zarco berhasil memimpin sesi sebelum akhirnya dibalas oleh pembalap Ducati dengan hasil waktu terbaik.
Pada akhir sesi, kondisi cuaca mulai membaik meski semua pembalap masih menggunakan ban hujan, sulit bagi beberapa pembalap untuk meningkatkan waktu lap mereka. Alex Marquez pun mengalami kesulitan setelah kecelakaan di Tikungan 7, namun berhasil merebut posisi Q2. Marc Marquez memimpin sesi latihan dengan catatan waktu terbaik di depan Johann Zarco dan Fabio Quartararo. Pembalap lain seperti Jack Miller, Joan Mir, Enea Bastianini, dan Pedro Acosta juga lolos ke Q2, sementara Pecco Bagnaia harus berjuang dari Q1. Hujan yang mengganggu tidak menyurutkan semangat para pembalap untuk memberikan performa terbaik pada sesi latihan MotoGP Republik Ceko.
