Kiai Marzuki Mustamar membantah bahwa dirinya tidak netral dalam Pilpres 2024. Ia membantah adanya isu pencopotan dirinya dari jabatan Ketua PWNU Jawa Timur. Menurutnya, dirinya selalu bersikap netral dalam Pemilu 2024 dengan merangkul semua golongan dan partai politik.
Marzuki juga menjelaskan bahwa sebagai ulama NU di Jawa Timur, ia selalu berusaha mengayomi semua golongan dan sering hadir dalam acara dengan tokoh-tokoh politik dari berbagai partai, seperti Partai Golkar, PDIP, dan PPP. Dia juga mengakui sering bertemu dengan caleg dari beberapa partai politik dan melihat konten media sosial yang memframing dirinya condong mendukung pasangan calon tertentu tanpa klarifikasi terlebih dahulu.
Pengurus Besar Nahdlatul Ulama (PBNU) memberhentikan atau memecat KH Marzuki Mustamar dari jabatan Ketua PWNU Jawa Timur berdasarkan Surat Keputusan PBNU tertanggal 16 Desember 2023. SK tersebut ditandatangani oleh Rais Aam PBNU KH Miftachul Akhyar, Katib Aam KH Akhmad Said Asrori, Ketua Umum PBNU KH Yahya Cholil Staquf, dan Sekretaris Jenderal Saifullah Yusuf. Isi dari SK tersebut adalah penghentian Marzuki dari jabatan Ketua PWNU Jawa Timur dengan ucapan terima kasih atas pengabdiannya selama ini.
