Marco Bezzecchi memimpin Free Practice 2 di Misano dengan menggunakan ban belakang lunak baru dan mencatatkan waktu 1:30,624. Dia berhasil mengalahkan Franco Morbidelli dan Luca Marini, kedua pembalap Italia yang juga anggota VR46 Riders Academy. Pedro Acosta finis di urutan keempat di depan Marc Marquez yang mencatatkan waktu 1:30,480. Alex Marquez dan Fabio Quartararo juga berhasil meraih posisi enam dan tujuh, mengalahkan trio Ducati di 10 besar.
Jorge Martín dan Jack Miller mengalami insiden di Tikungan 1, namun beruntung tidak mengalami konsekuensi serius. Sementara Joan Mir, setelah mengalami kecelakaan parah pada Jumat, memutuskan untuk beristirahat pada hari Sabtu karena merasa nyeri dan kompresi di area lehernya. Meskipun demikian, Mir berencana untuk kembali berkompetisi pada balapan Minggu setelah absen pada balapan tahun sebelumnya di Misano.
Dengan demikian, hasil Free Practice 2 MotoGP San Marino menunjukkan performa impresif dari beberapa pembalap top seperti Bezzecchi, Morbidelli, dan Marini, sementara pembalap lain harus mengatasi insiden dan cedera ringan untuk terus bersaing di lintasan.
